畜禽生物育种全国重点实验室以破解核心种源对外依存度高的“卡脖子”问题为使命，瞄准世界畜禽育种科技发展前沿，打造世界一流的育种创新人才团队。以鸡、鸭、牛、猪等主要畜禽为对象，开展畜禽优异和特色种质资源收集、挖掘、保护和利用，围绕重要性状遗传解析和育种理论、分子智能育种算法和模型、性别决定、配子定向分化等重大原创基础研究和干细胞育种等颠覆性技术创新，创制一批超高产、优质、抗病的战略性畜禽新品种，保障我国核心种源自主可控，成为世界一流的畜禽种业科学中心和技术策源地，使我国成为畜禽种业强国。

研究方向主要以下五个方面：1.畜禽优异种质资源精准鉴定；2.畜禽重要经济性状形成机制解析；3.基因组选择等共性技术研发；4.基因编辑、干细胞育种等颠覆性技术研发；5.畜禽新品种培育与新产品创制。

实验室主任由赵要风担任，学术委员会主任由黄路生担任，首席科学家由侯水生担任。